In questa stagione 2006-2007 il neopromosso Spezia gioca nella Serie B.
L'esordio in campionato è avvenuto lunedì 11 settembre 2006, in occasione dell'incontro casalingo con il Cesena. Il risultato finale è stato (1-1) e la prima rete spezzina è stata segnata da Davide Dionigi, successivamente ceduto al Crotone nel mercato di gennaio.
Nel girone di andata lo Spezia si è sempre mantenuto al di fuori della zona a rischio di retrocessione realizzando, fra alti e bassi, due grandi imprese quali la prima ed unica vittoria a Marassi contro il Genoa (1-2) ed il pareggio, ma sfiorando il successo casalingo, contro la Juventus (1-1).
Nel girone di ritorno alcune sconfitte con le dirette concorrenti ed i numerosi scivoloni subìti tra le mura amiche hanno costretto gli aquilotti a combattere fino all'ultima giornata di campionato, nella quale la squadra ha evitato la retrocessione diretta a discapito dell'Arezzo ottenendo un'altra storica vittoria (2-3) allo stadio Olimpico di Torino contro la Juventus che non perdeva in casa dal lontano aprile 2005, ma che da alcune giornate aveva già ottenuto la promozione.
Per conquistare la salvezza, la squadra ha dovuto disputare i Play-out, nei quali ha battuto il 15 giugno in casa l'Hellas Verona (2-1) in rimonta (con reti di Saverino su rigore e Do Prado) e pareggiando (0-0) la partita di ritorno disputata il 21 giugno allo stadio Bentegodi grazie ai molteplici interventi del portiere Nicola Santoni. In tal modo gli aquilotti si sono salvati, condannando alla retrocessione in Serie C1 la squadra scaligera dell'Hellas.
Nella Coppa Italia gli aquilotti sono stati eliminati nel primo turno, a causa della sconfitta (3-2) subìta il 19 agosto allo stadio Luigi Ferraris contro Genoa.
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