Nella stagione 1998-1999 la SPAL riparte dalla Serie C1 sempre con Gianni De Biasi in panchina, mantenendo l'intelaiatura dell'ultima vincente stagione eccezion fatta per Fausto Pari. Gli innesti principali sono il centrocampista Roberto Antonioli e gli attaccanti Fabio Lucidi e Ciro Ginestra. È una squadra collaudata, che gioca bene e parte altrettanto felicemente, disputando un discreto girone di andata. I problemi si manifestano nel girone di ritorno, quando la squadra ferrarese pur giocando un buon calcio perde alcune partite, scivolando di qualche posizione. Dopo il ko interno con il Siena, il presidente Giovanni Donigaglia si scatena pubblicamente contro l'allenatore, delegittimando De Biasi e minando l'ambiente spallino. Con questo clima teso, la squadra non raggiunge nemmeno i play-off, chiudendo il torneo al settimo posto. A parziale consolazione ma di prestigio, giunge la conquista della Coppa Italia di Serie C, trofeo conquistato per la prima volta, nella doppia finale contro gli umbri del Gualdo, dopo aver ottenuto la qualificazione con il secondo posto nel girone F, ed aver eliminato il Lumezzane nei sedicesimi, il Cittadella negli ottavi, la Pro Vercelli nei quarti, il Siena in semifinale.
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