Nella stagione 2012-2013 il Sioni Bolnisi ha disputato la Umaglesi Liga, massima serie del campionato georgiano di calcio, terminando il torneo al nono posto con 33 punti conquistati in 32 giornate, frutto di 8 vittorie, 9 pareggi e 15 sconfitte. In Sakartvelos tasi è sceso in campo sin dal primo turno, raggiungendo le semifinali del torneo dove è stato eliminato dal Chikhura Sachkhere.