La cupola, posta all'incrocio dei quattro bracci, funge da fulcro unificante dell'intera costruzione e si erge su un piccolo tamburo scandito da otto opuli ed è divisa in sei costoloni. Da notare anche la crociera, scandita da quattro pilastri addossati alle pareti; al termine dei pennacchi sono presenti valve di conchiglia inscritte dentro un serto (una ghirlanda di elementi intrecciati).
L'isola di Capraia è situata nel Canale di Corsica (braccio di mare al confine tra Mar Ligure e Mar Tirreno), ed è un'isola di origine vulcanica, la terza per grandezza dell'Arcipelago Toscano dopo l'Elba e il Giglio. È infatti lunga circa 8 km (da punta Teglia a nord a punta dello Zenòbito a sud) e larga 4, per una superficie di 19,26 km².
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