Dopo l'acquisizione, nel 2007, del Nantes da parte dell'imprenditore franco-polacco Waldemar Kita, a cui sono seguite le prime retrocessioni dopo tanto tempo in Ligue 2 dei canarini, parte degli ultras nantais ha deciso di formare un altro club nella città di Nantes, così il 3 giugno 2021 è stato fondato ufficialmente lo Stade de Nantes dall'imprenditore italiano Alessandro Graziano, con l'aiuto degli ultras dei rivali cittadini. Dopo aver inizialmente programmato di partire dalle leghe inferiori del calcio francese, nel giugno 2022 è riuscito ad entrare in Ligue 2, dopo aver rilevato il posto in campionato del Niort.
Dopo aver conquistato un'altra vittoria e una sconfitta nel torneo estivo e ufficializzato l'acquisto di Lohann Doucet dai rivali del Nantes, il 22 luglio 2022 i verderossi debuttano in Ligue 2 con un pirotecnico 3-3 contro il Saint-Étienne.
La prima stagione professionistica è caratterizzata da alti e bassi: nelle prime dieci giornate il club vince sette partite piazzandosi al momentaneo secondo posto, salvo poi andare incontro ad una serie di risultati alterni che gli fanno concludere la stagione al 14º posto.
In coppa invece il club riesce ad arrivare alle semifinali battendo Amiens, Auxerre, Olympique Marsiglia, Ajaccio e dovendo arrendersi soltanto ai rigori contro l'Olympique Lione.
L'era Vizcarrondo (2023-2027): promozione in Ligue 1 ed il primo trofeo
Nella stagione 2023-2024 il piccolo club bretone si rafforza con gli acquisti di Mounaïm El Idrissy, Stredair Appuah e Florent Da Silva, rispettivamente da Ajaccio, Nantes e Lione. Gli acquisti danno un enorme impatto alla seconda stagione del club che, guidato dalle reti di Racollet ed El Idrissy riescono a raggiungere il quarto posto in classifica e di conseguenza la promozione in Ligue 1: decisiva è la vittoria nella penultima giornata di campionato per 6-0 contro il Clermont Foot.
Ottenuta quindi la promozione, la dirigenza prepara la squadra alla prima stagione in massima serie con relativamente pochi acquisti: Aboubakary Kanté, Aljoša Koren e Warren Kamanzi. Lasciano invece la Bretagna: Da Silva, di ritorno a Lione, e Maxime Giron, quest'ultimo in Turchia. Contemporaneamente il club dà inizio alla creazione di un nuovo stadio di proprietà, il Parc de Nantes.
Il 9 agosto 2024 i rossoverdi debuttano ufficialmente in Ligue 1 battendo per 2-3 il Troyes allo Stade de l'Aube. La partita è segnata dai gol di Racollet (primo marcatore assoluto del club nella massima divisione), El Idrissy e Kanté (all'esordio).
L'approccio con la nuova realtà è positiva per i rossoverdi, concludendo il girone d'andata al sesto posto, frutto di vittorie importanti tra cui quella fuori casa contro il Paris Saint-Germain (2-5) ed il pirotecnico derby vinto 5-4 contro il Nantes in rimonta. Nel girone di ritorno le prestazioni calano, portando lo Stade Nantes a concludere al decimo posto in classifica. Situazione diversa è in coppa di Francia dove, sulla falsa riga della stagione 2022-2023, il club giunge fino in fondo alla competizione, conquistando la vittoria in finale contro l'Olympique Marsiglia ai calci di rigore.
La vittoria della coppa sancisce la prima qualificazione ad una coppa europea, l'Europa League. Questo porta la dirigenza ad accelerare i tempi di costruzione del nuovo stadio, che viene inaugurato il 18 luglio 2025 con una amichevole contro il Verona.
Fiduciosa in una campagna acquisti che porta in Bretagna il giovane portoghese Eduardo Castro, considerato il "nuovo Ronaldo", il club comincia la nuova stagione con la Supercoppa di Francia, che viene tuttavia persa con un netto 0-3 contro i campioni in carica del Paris Saint-Germain.
Il debutto in campionato è migliore con una vittoria contro l'Ajaccio per 1-2, tuttavia le prestazioni calano immediatamente con la squadra in netta difficoltà nelle successive gare.
Nel mentre, inserito nel Gruppo E di Europa League con APOEL, Hearts e Betis nei sorteggi di Nyon, il 18 settembre 2025 debuttano proprio contro gli spagnoli subendo una pesante sconfitta per 4-1 frutto di una quaterna messa a segno dell'ex Canarino Ludovic Blas.
La stagione continua all'insegna di cattive prestazioni che portano i biancorossi a concludere il girone d'andata nelle "zone rosse" della classifica, salvo qualche eccezione in campo europeo, come la prima vittoria in Europa League proprio contro il Betis (2-1). Nel girone di ritorno il club, seppur con delle difficoltà, si risolleva: in campionato conclude all'undicesimo posto; mentre in Europa, finisce in Conference League dove viene eliminata dai portoghesi del Braga.
Le difficoltà della stagione precedente si ripercuotono in quella successiva. Il club, nonostante una campagna acquisti che porta in Francia gli youngsters Barbieri e Barrenechea dalla Juventus e il difensore Lilian Brassier, dimostra difficoltà nei vari reparti: il reparto difensivo si rivela uno dei peggiori del campionato (78 reti suite, secondo al solo Sochaux che ne ha subito 85); mentre l'attacco è trascinato dai gol di Castro ma non riesce a fare più affidamento a Racollet, autore di solo 12 reti, nove in meno dell'annata precedente. Questi fattori portano il club a concludere al 12° posto.
L'era Will Still: il primo scudetto e la qualificazione in Champions
Il "nuovo" Stade de Nantes fa il proprio debutto stagionale il 17 agosto 2027 contro i rivali del Nantes, neopromosso in Ligue 1, vincendo con un netto 0-4, con tre di queste quattro reti segnate da nuovi acquisti.
Considerato sin da subito uno dei possibili underdogs della stagione, dopo otto giornate i rossoverdi si ritrovano alla testa del campionato frutto di 7 vittorie e un pareggio e con alle spalle il solo Paris Saint-Germain, a una distanza.
Nelle successive 10 gare lo Stade ripete gli exploit delle precedenti giornate, rimanendo imbattuti e arrivando allo scontro diretto contro il Paris Saint-Germain, poi vinto 2-1, con un distacco di 12 punti.
Concluso il girone d'andata in testa alla classifica, in quello di ritorno continuano a dominare, mantenendo l'imbattibilità e pareggiando in solo tre occasioni (contro Troyes, Monaco e PSG). Le uniche note negative sono la sconfitta in Coppa di Francia ai quarti contro l'Olympique Lione e la perdita del Capocannoniere Anthony Racollet a due mesi dal termine del campionato.
Forti di un distacco di 19 punti, il 15 aprile vincono dunque il campionato (con 6 giornate d'anticipo) in seguito al successo casalingo per 4-1 contro il Lorient.
Grazie ad ulteriori ottime prestazioni nelle ultime di Ligue 1, i verderossi concludono l'anno stabilendo diversi record: innanzitutto diventano la prima formazione francese a vincere il campionato da imbattuta e grazie alle 34 vittorie e i quattro pareggi in 38 giornate, concludono la stagione con 105 punti, battendo il precedente record europeo stabilito dalla Juventus nella stagione 2013-2014. Infine procurano dei record al club le 128 reti totali segnate fra tutte le competizioni con ben cinque giocatori verderossi ad andare in doppia cifra.
La vittoria del campionato porta il club a disputare per la prima volta nella propria storia la UEFA Champions League. Per preparare al meglio la rosa, il ds Marcello Vigne puntella la squadra in vari ruoli: in porta, a sostituire l'uscente Desplanches, vi sono gli innesti dell'esperto Édouard Mendy e del giovane portiere ceco David Čech; in difesa viene acquistato dal Torino l'italiano Alessandro Buongiorno, mentre in attacco arriva dal SO Cholet il giovane Nicolas Hernandez.
La stagione inizia ufficialmente il 29 luglio 2028 fon la vittoria per 2-5 sul Paris Saint-Germain in finale di supercoppa francese a Bang Kapi.
In campionato i rossoverdi seguono l'andamento della stagione antecedente risultando primi dopo le prime 10 gare, da imbattuti e a +6 dal PSG secondo.
Nel frattempo debuttano anche in Champions League, dove vengono inseriti in gruppo con Benfica, Lech Poznań e Manchester City, vincendo la prima per 1-4 ai danni dei citizens.
Sin dalla prima partita vi è lo zampino dei nuovi acquisti, in particolare Nicolas Hernandez che trascina il club sia in campionato è in Champions: nella prima competizione les éléphants si ritrovano primi al giro di boa con una sola sconfitta subita alla 14ª giornata contro il Monaco, la prima dopo un'anno, e a +3 dal PSG; in Europa passa agilmente il turno da secondo classificato, con due sole sconfitte all'attivo, entrambe contro il Benfica, ma con il miglior attacco della fase a gironi (22 reti).