Nella stagione 2012-2013 l'FC Santa Coloma ha disputato la Primera Divisió, massima serie del campionato andorrano di calcio, terminando la stagione al secondo posto con 39 punti conquistati in 20 giornate, frutto di 10 vittorie, 9 pareggi e 1 sconfitta. Grazie a questo piazzamento si è qualificato al primo turno preliminare della UEFA Europa League 2013-2014. In apertura di stagione ha perso la Supercopa andorrana, perdendo contro il Lusitans per 2-1. Nella Copa Constitució l'FC Santa Coloma è sceso in campo dai quarti di finale, raggiungendo le semifinali dove è stato eliminato dall'UE Santa Coloma. Nella UEFA Europa League l'FC Santa Coloma è stato subito eliminato al primo turno preliminare dai croati dell'Osijek.