La società è stata fondata nel 1940. Dopo alcuni anni con attività a carattere locale, nel 1945 si iscrive al suo primo campionato, ove un anno dopo nella stagione 1946-1947 viene promossa in Serie C, retrocedendo però l'anno successivo.
Dopo diversi decenni passati nelle serie minori lombarde, nella stagione 1977-1978 si classifica in prima posizione nel girone B del campionato di Promozione, salendo così in Serie D e dopo un campionato a metà classifica, la stagione seguente viene promossa in Serie C2 al termine degli spareggi vinti contro Mira e Montebelluna sotto la presidenza di Rinaldo Villa.
Nel primo anno in Serie C2 chiude all'undicesimo posto in classifica, con 3 punti di vantaggio sulla zona retrocessione, ma al termine della stagione 1981-1982 retrocede nuovamente nei dilettanti, chiudendo il campionato chiuso in diciottesima ed ultima posizione con soli 13 punti in 34 partite, frutto di 11 pareggi ed un'unica vittoria, l'1-0 contro il Seregno del 25 aprile 1982. La squadra in quella stagione risultò inoltre il peggior attacco (9 gol) e la peggior difesa (51 gol subiti) dell'intera Serie C2.
In seguito alla retrocessione la società fallisce[senza fonte] e riparte dal campionato di Seconda Categoria. Anche nelle stagioni successive milita principalmente in Promozione e Prima Categoria.
La svolta si ha nel 2010, anno della fusione con il G.S.O. Rogoredo e il relativo cambio di denominazione in CasateseRogoredo: nel 2012 arriva la Promozione, seguita dal salto in Eccellenza tre stagioni più tardi. La scalata è lenta ma costante: nel 2016-2017, dopo un ottimo campionato chiuso al secondo posto, i biancorossi vengono sconfitti dal Bozner ai play-off nazionali, mancando così il ripescaggio in Serie D; nel 2019-2020 però la squadra, nel frattempo tornata a chiamarsi solo Casatese, centra una storica doppietta vincendo prima la Coppa Italia Dilettanti Lombardia, in finale con il Valcalepio, e poi il girone B di Eccellenza[1], guadagnandosi il ritorno in Serie D dopo quarant'anni. Nella stagione del ritorno in Serie D, si ritrovano a lottare per una clamorosa promozione nella terza serie nazionale salvo poi accontentarsi della quarta piazza in un girone difficile.
^Secondo il quotidiano La Provincia di Como del giugno 1982 il club non è fallito né aveva problemi finanziari.
^Alla fine del campionato il Comitato Regionale Lombardo cambia nome in "Comitato Regionale Lombardia" e di conseguenza i campionati perdono l'aggettivo "lombardo".